Биоинформатика микробиома: OTU против ASV

В этом видео мы рассмотрим основные концепции методов, основанных на операционных таксономических единицах (OTU) и альтернативных последовательностях нуклеотидов (ASV), для целевого секвенирования микробиома. Будут рассмотрены следующие темы: введение в целевое секвенирование микробиома, способы генерации OTU и ASV, а также преимущества и недостатки каждого метода для секвенирования 16S и других целевых последовательностей. Подробнее о различиях между OTU и ASV, включая их преимущества и недостатки для сложных типов образцов, читайте здесь: Информатика микробиома: https://www.zymoresearch.com/blogs/blog/microbiome-informatics-otu-vs-asv?utm_source=youtube&utm_medium=social-organic&utm_campaign=otu-asv-blog 0:00 Введение 0:14 Целевое секвенирование 0:29 Потенциальная мишень для секвенирования 1:14 Поиск идеальной целевой последовательности 1:51 Проблемы секвенирования 16S 2:34 Добавление шума 3:10 Краткое замечание 3:42 Кластеризация (размытие) 3:56 Кластеризация (de Novo) 4:29 Кластеризация (открытая референсная последовательность) 4:51 Кластеризация (закрытая референсная последовательность) 5:22 Операционная таксономическая единица (OTU) Подход 6:11 И различия... 6:14 И модель ошибок для запуска... 7:32 Добавление большего количества образцов 7:59 Что еще может измениться? 8:49 Подход с использованием вариантов ампликонных последовательностей (ASV) Каково статистическое подтверждение существования каждой последовательности? #Микробиом #OTUvsASV #16SSequencing #Микробиомика #Биоинформатика #ZymoResearch #ДНКСеквенирование #Метагеномика Хотите поговорить с ученым? Свяжитесь с нами: https://www.zymoresearch.com/pages/contact?utm_source=youtube&utm_medium=social-organic&utm_campaign=contact Веб-сайт: http://www.zymoresearch.com LinkedIn: https://www.linkedin.com/company/zymo-research-corp Bluesky: https://bsky.app/profile/zymoresearch.bsky.social